Почему нельзя делать запрос по таблице значений, ведь можно делать запрос по виртуальным таблицам напр. РегистрНакопления.Имя.Остатки(...)

По восьмерошному определению - универсальная коллекция значений, а если по-русски - просто таблице, у кторой есть некоторое количество столбцов и строк.

===============================

Запрос по таблице - посмотри отбор строк методом НайтиСтроки() может подойдет?
Ну, а вообще не надо создавать такую модель базы, что из нее запросом невозможно вытянуть данные, которые тебе нужны.


Виртуальные таблицы от 1С это всего лишь view на языке SQL. Они живут на сервере, вернее выфильтровывабтся из таблиц SQL базы.
95-100% данных при грамотном проектировании возможно потянуть простым SQL запросом. Остальное только обработать, для отображения.